Les sols sont des environnements vivants dans lesquels évoluent des microorganismes particulièrement abondants et divers.
Ils contribuent au fonctionnement biologique des sols. Ainsi, les communautés microbiennes sont impliquées dans les cycles géochimiques où les enzymes microbiens catalysent les différentes étapes de ces cycles. Le microbiote tellurique contribue ainsi à la nutrition des plantes mais également à leur santé. Il est également impliqué dans la biofiltration de l’eau. De façon plus générale, la biodiversité contribue à la productivité ainsi qu’à la stabilité de l’agroécosystème. Il est donc essentiel de prendre en compte la biodiversité et le fonctionnement biologique des sols lors de la conception de systèmes de culture et l’évaluation de leurs impacts. Les progrès réalisés au cours des dernières années en microbiologie des sols permettent maintenant de proposer l’analyse des propriétés biologiques des sols comme c’est le cas depuis de nombreuses années pour les propriétés physico-chimiques des sols. Ces analyses requièrent bien évidemment l’utilisation de procédures standardisées d’échantillonnage des sols, de mesure de l’abondance et de la diversité des communautés microbiennes, ainsi que l’identification de bioindicateurs. De même, l’interprétation de ces analyses nécessite l’utilisation de référentiels pour permettre un diagnostic de l’état biologique des sols et pour déterminer en particulier si les valeurs obtenues sont dans la gamme de variations normale pour le type de sol et le mode d’usage considérés. La standardisation des procédures et l’établissement de référentiels ont progressé de façon très significative à l’occasion de programmes de recherche de grande envergure visant à caractériser la biodiversité aux échelles nationales et européenne. Ces éléments de diagnostic doivent s’accompagner de conseils et les recherches en cours visent à proposer des éléments d’aide à la décision au vu des résultats d’analyse biologique afin de maîtriser et gérer la biodiversité pour à la fois répondre aux exigences de fertilité des sols et de fourniture de services écosystémiques attendus des sols.
Philippe Lemanceau
UMR 1347 Agro écologie AgroSup/INRA/uB