À l’inverse des carences, les toxicités correspondent à l’excès d’un ou plusieurs éléments présents dans le sol qui, par différents mécanismes, contrarie le développement des plantes, voire à l’extrême peut entraîner leur mort. Dans les jardins, notamment pour les plantes en pot, les toxicités sont souvent consécutives à un excès de salinité dû à un apport d’engrais trop important.
La toxicité et la phytotoxité
Ce sont les pollutions engendrées par des actions malencontreuses du jardinier 
L’utilisation inappropriée, le surdosage d’un produit ou des retombées de pulvérisation d’un herbicide, notamment à action foliaire, provoquent des symptômes de phytotoxicité et, dans les cas les plus graves, la mort des plantes. Le vent peut parfois disperser les produits polluants sur de longues distances. La bouillie bordelaise peut aussi à long terme créer une toxicité due à un excès de cuivre dans les sols.
Un cas fréquent de toxicité découle d’un mauvais rinçage du pulvérisateur. Les résidus de produits causent alors des dégâts sur les plantes.
Le sel utilisé pour le déneigement des cours et des chaussées est redoutable pour la plupart des plantes. Les excès d’engrais, notamment quand ceux-ci sont réalisés en cours de culture sur un sol trop sec ou sur le feuillage des plantes, provoquent des colorations anormales ou des brûlures du feuillage.
Les pollutions atmosphériques
Dans certains cas, des retombées de fumées ou d’émanations toxiques pour les plantes peuvent engendrer des réactions diverses. L’observation de l’environnement proche du jardin est nécessaire pour déterminer quels types de pollution sont possibles.
La pollution lumineuse
La lumière artificielle modifie localement l’alternance jour-nuit. Or, la lumière est un paramètre
influençant le comportement des animaux et le développement des plantes.
Par exemple la durée relative du jour et de la nuit indique aux plantes le cycle des saisons. Ainsi, on peut observer des arbres proches de l’éclairage artificiel qui perdent leurs feuilles beaucoup plus tard que les autres.
Pour la faune, la lumière artificielle cause en général des répulsions ou des attractions. Par exemple, certains prédateurs profitent de la lumière artificielle pour chasser plus longtemps ce qui peut empêcher certains animaux nocturnes de sortir pour se nourrir.
Ces modifications du rythme de vie peuvent influencer l’activité des auxiliaires et des ravageurs au jardin.